Sexto virrey PEDRO MOYA DE CONTRERAS (Primer Inquisidor de Nueva España y arzobispo de México)




Sexto virrey
PEDRO MOYA
DE CONTRERAS
(Primer Inquisidor de Nueva España  y arzobispo de México)
(1584-1585)


Nació en Córdoba, España; siguió la carrera sacerdotal doctorándose en cánones en la Universidad de Salamanca. Mucha fama gozaba este arzobispo por su recta justicia, que produjo mucho recelo entre los oidores. Teniendo el cargo de visitador en 1584, recibió el nombramiento de virrey y asumió así los tres mayores cargos de Nueva España; virrey, inquisidor general y arzobispo de México. La instrucción de la población indígena fue para el arzobispo-virrey su principal preocupación; fundó el Seminario de Indios, para enseñarles la doctrina cristiana, lectura, escritura, canto y un oficio.1525 – 1530: SU NACIMIENTO 2
1560: MAESTREESCUELA DE LA CATEDRAL DE CANARIAS 2
INQUISIDOR DE MURCIA 2
1570: PRESIDENTE DEL TRIBUNAL DE LA INQUISICIÓN EN NUEVA ESPAÑA 2
1572: COADJUTOR DEL ARZOBISPADO 3
1573: ARZOBISPO DE MÉJICO 3

MOYA DE CONTRERAS Y SU ENEMISTAD CON MARTÍN ENRÍQUEZ DE ALMANZA 4
1575: INFORMES RESERVADOS SOBRE EL CLERO 5
LA IGLESIA DE NTRA. SRA. DE GUADALUPE 6
1583: VISITADOR GENERAL DEL VIRREINATO 7
MOYA CONTRERAS Y LA COMPAÑÍA DE JESÚS 8
MOYA CONTRERAS Y LA UNIVERSIDAD 8
1584: VIRREY DE NUEVA ESPAÑA 9
1583: PEDRO MOYA DESCRIBE EL DESCUBRIMIENTO DE NUEVO MÉJICO 9
1585: III CONCILIO DE MÉXICO 11
1589: PRESIDENTE DEL CONSEJO DE INDIAS 14
1592: SU FALLECIMIENTO 16

1525 – 1530: Su Nacimiento
D. Pedro Moya Contreras nace en Pedroche entre 1525 y 1530. Sus padres son don Pedro Muñoz Moscoso y doña Catalina de Moya, hermana del que después será nombrado Arzobispo de Valencia, don Acisclo Moya Contreras, igualmente hijo ilustre de Pedroche.
Recibe las primeras letras en el convento de Nuestra Señora del Socorro de Pedroche. Hoy en día desaparecido, pero ubicado donde actualmente se encuentra el cementerio municipal. Por influencia de su tío, siendo aún un niño, sus padres le envían a la Corte, como paje, al servicio del presidente del Consejo de Indias, el licenciado Juan de Ovando. Eran los años 1545 – 1550.
El joven Moya Contreras enseguida empieza a destacar manifestando una clara inteligencia, por lo que Ovando le nombra su secretario y cartero particular, confiándole el secreto que tal cargo requería. Tan a la perfección lo desempeñó, que el licenciado, atraído por su sabiduría, decidió enviarle, por cuenta propia, a la Universidad de Salamanca para que cursara estudios superiores. Allí, sobresaliendo, entre 1551 y 1554 se gradúa como doctor en Cánones y Leyes.
1560: Maestreescuela de la Catedral de Canarias
De la Universidad retornó al lado del visitador Ovando, por entonces prominente personaje en la administración de las Indias. Al lado de Don Juan, cuyo valimiento cerca de Felipe II fue amplísimo, como fue su opinión en todos los asuntos de las Indias, prosperó, habiendo, por su lealtad y servicios, recibido hacia 1560 un premio, la prebenda de Maestreescuela de la catedral de Canarias. Con ello se incorporaba a la administración eclesiástica y se colocaba en una ventana que veía hacia América.
De este puesto fue removido al poco tiempo para ocupar plaza importante en la organización del tribunal que como medio de control público y eclesiástico había establecido Felipe II. Este monarca, temeroso de que su amplio imperio indiano fuese escindido como había ocurrido con el europeo, por causa de una división religiosa que había traído como consecuencias graves guerras entre cristianos, decidió, para evitar “que en esta nueva viña del señor cayese la mancha de las herejías y no se estragase con los forajidos sospechosos que a ella se pasasen como a partes remotas” reforzar en España los tribunales de la Santa Inquisición.
Inquisidor de Murcia
Para ocupar el cargo de inquisidor en Murcia, la figura severa y disciplinada de Pedro Moya Contreras fue escogida, y el recio cumplimiento que ahí mostró le valió ser destinado para llevar a la Nueva España al Tribunal del Santo Oficio.
1570: Presidente del Tribunal de la Inquisición en Nueva España
En 1570 es elegido por el rey Felipe II para establecer el Tribunal de la Inquisición en Nueva España. 
Acompañaron a Pedro Moya, presidente del Tribunal, como funcionarios probados y eficaces, el doctor Cervantes, quien falleció en el viaje, el licenciado Alonso Fernández de Bonilla, como fiscal, y como alguacil mayor don Antonio Bazán.
Llega a Méjico, donde nombra los oficiales que debían componer el mencionado tribunal. Él se estableció en la iglesia de Santo Domingo, el 11 de noviembre de 1571. En la elección de dichos miembros prefirió a las personas prudentes e ilustradas, y a ser posible, criollos.
Los biógrafos Cristóbal Gutierrez de Luna y Francisco Sosa dan a conocer datos que, según ellos, habían permanecido ignorados; mencionando que Moya se ordenó de presbítero y cantó su primera misa en México en 1571, por lo que las elecciones para los cargos de Canarias, Murcia y Méjico, sin haber recibido, aún, las órdenes sagradas, se debieron a la alta estima que Felipe II tenía sobre sus virtudes y saber. La bula de su designación episcopal fue de Gregorio XIII de fecha 15 de junio de 1573. Se consagró como obispo el 8 de diciembre del mismo año en la catedral de México, por manos del obispo de Puebla, Antonio de Morales. 
Como curiosidades en los inicios de Pedro Moya como Presidente del Tribunal de Inquisición vemos esta orden haciendo referencia a los libros prohibidos:

de libros y propietarios de bibliotecas presentaran listas detalladas de las obras que poseyeran, a efecto de que el Santo Oficio pudiese controlar su circulación y evitar así la difusión de libros prohibidos. En la segunda sección de dicho edicto se ordenaba pormenorizar en orden alfabético los títulos y autores, así como el lugar y fecha de publicación de la obra de "lógica, filosofía, medicina y mathemáticas", o sea de todas las ciencias según la clasificación de la época. Cabe decir que a pesar del rigor con que se procedía en los escrutinios, los libros de ciencia pocas veces fueron decomisados
Por otro lado, el primer proceso sustanciado por Pedro Moya de Contreras como inquisidor, en 1571, fue contra treinta ingleses sobrevivientes de una expedición dirigida por Hawkins y Drake. Los jóvenes fueron condenados a servir en conventos; los mayores, a una pena que variaba entre cien y trescientos azotes y cuatro a diez años de reclusión 
1572: Coadjutor del Arzobispado
1573: Arzobispo de Méjico
A la llegada a Nueva España, ocupaba la mitra el venerable y anciano arzobispo fray Alonso de Montúfar. El virrey Martín Enríquez de Almanza gobernaba con acierto y Nueva España crecía una vez pasadas las epidemias e inundaciones, aunque el Norte era sacudido por una fuerte rebelión.
Moya de Contreras experimentaba un alza en sus bonos. Ante la enfermedad del arzobispo Montúfar, el rey, por influencia de Ovando, dispuso que Moya de Contreras figurase como su Coadjutor y sucesor. De esta suerte don Pedro adquirió el máximo poder eclesiástico y pudo intervenir en la administración y vida de la iglesia novohispana y hacer llegar el manto de la Inquisición tanto al mundo del Caribe y Centro América como al lejano Oriente, con las Filipinas como base.
Sucedió a Montúfar quien cargado de años y dolencias falleció el año 1573. Fue consagrado a fines de 1573.
Edicto que notifica el primer Auto de Fe, que habría de llevarse a cabo en la capital de la Nueva España el 12 de febrero de 1574:

La Inquisición hizo para la reforma del clero un control y un estímulo. A la primera noticia de que iba a presidirla el enérgico Pedro Moya de Contreras, huyeron muchos de los curas relajados y frailes apóstatas que infestaban el país.
Moya de Contreras y su enemistad con Martín Enríquez de Almanza
Pedro Moya de Contreras, desde su llegada a México, no tuvo buena opinión del gobierno civil y eclesiástico existente. Le tocó llegar en tiempo de la administración de un gran gobernante, don Martín Enríquez de Almanza, hermano del marqués de Alcañices, de gran valimiento en la corte y también hombre apoyado, como Francisco de Toledo en el Perú, por Juan de Ovando.
El virrey, hombre enérgico, activo, emprendedor, poseía como Mendoza y Velasco un gran sentido del papel que jugaba, que era el puesto de mayor responsabilidad en la Nueva España. Atendía esmeradamente la política interna, la defensa del reino y los problemas que se suscitaban en el norte de Nueva España, con los indios nómadas y velicosos llamados Chichimecas. Enríquez, al igual que sus antecesores, no era hombre que renunciara al recto cumplimiento de sus funciones y que pensara que la utilidad eclesiástica era superior a la civil. Pensaba, siendo profundamente creyente, que la Iglesia cumplía una función esencial, pero muy diferente a la suya. Sentía que debía existir un respeto y fuerte colaboración con el poder eclesiástico, pero no subordinación al mismo. Más aún, creía que la autiridad civil delegada por el monarca en el virrey, era la principal y que sin ella nada podía marchar. Que ella, la autoridad civil, debía amparar, auxiliar y apoyar la labor religiosa, pero que el poder eclesiástico tenía funciones específicas que cumplir sin inmiscuirse en el gobierno civil.
Por otra parte Enríquez había puesto orden, sin rebasar los límites de su autoridad en la anarquía suscitada en los organismos judiciales, tanto en la audiencia de México como en la de Nueva Galicia.
Moya, sustituyendo al venerable arzobispo Montúfar, llegó con un poder que por entonces se creyó omnipotente, pues se pensaba que el Tribunal de la Inquisición era un super poder, un tribunal que velaba por el cumplimiento de la política religiosa del Imperio y por la observancia rígida de las normas religiosas.
El papel de Moya como instrumento político del Estado le inclinó a sentirse director de la política a realizar en Nueva España, a convetirse en un superconsejero y director de la conducta del virrey. Se había dado cuenta de que su papel de inquisidor en Murcia, le otorgaba una autoridad superior a la de todos los demás funcionarios, excepto a la del rey. El temor que inspiraba la Inquisición era un temor superior al de todas las autoridades constiguidas, pues además del apoyo estatal y la ayuda que debía prestarle al brazo secular para ejecutar sus decisiones, tenía a la denuncia y al sigilo como instrumento de su acción.
El inquisidor va a sentir que no puede hacer cumplir su misión inquisitorial de censura política sin chocar con la autoridad constituida, con un virrey celoso de sus atribuciones, sujeto tan sólo a las instrucciones recibidas del rey y su Consejo.
La posición de Moya era la que provacaría más tarde, entre otros gobernantes civiles y eclesiásticos, graves dificultades que perjudicaron no sólo a ambos poderes, sino a la sociedad, pues se puso en peligro su paz y tranquilidad. Esas dificultades también disminuirian la opinión que el pueblo tenía del poder eclesiástico.
Don Martín, en la relación que dejó en 1580 al conde de la Coruña, al referirse a las relaciones del virrey con las autoridades de la Iglesia le decía que éstas deberían "no meterse más que en su doctrina como en España se hace" y le recomendaba "oirlos a todos y creer a pocos y caminar despacio en los negocios", medidas de gran prudencia que aseguraban un gobierno estable.
Con el sucesor de don Martín Enríquez, el virrey Lorenzo Suárez de Mendoza, conde de la Coruña, no tuvo Moya grandes dificultades, dado que el gobernante era de carácter un tanto débil.
1575: Informes reservados sobre el clero
Pedro Moya hizo grandes esfuerzos para reformar su clero, en el que si bien había varones sabios, honestos y prudentes, también había otros con graves defectos humanos. La relación que el 24 de marzo de 1575 envió a Felipe II, que es un informe personal, justo muchas veces y un tanto exagerado otras,  sobre el clero de su diócesis, revela muy bien el estado que guardaba su iglesia a la que trató a toda costa de reformar.
Según el informe, de los 185 clérigos de la archidiócesis mejicana en 1575 muy pocos sabían derecho canónico; buen número de ellos, a lo que parece, sólo gramática, y uno, ni siquiera leer.
Además de dar normas sobre el hábito y decencia de vestir, acerca del aseo y decoro personal, prohibió los vestidos suntuosos, el que vivieran en los barrios de indios, el que acompañasen mujeres y se preocupasen de asuntos de comercio. Amonestaba y corregía a los que vivían desordenadamente y procuró llenar los puestos catedralicios y de la audiencia con personas preparadas, de buena conducta y disciplinadas. Trató que los nombramientos se hiciesen en sujetos de saber, crédito y distinción. Si en ocasiones prefirió a los peninsulares,
La Iglesia de Ntra. Sra. De Guadalupe
Fue un convencido guadalupano, lo que se ve por la defensa del Santuario de Guadalupe y la petición que hace al Papa Gregorio XIII de indulgencias para el mismo. En su momento dispuso que la renta y limosnas de las que gozara la iglesia de Nuestra Señora de Guadalupe, quitados los gastos forzosos, se utilizara en casar doncellas huérfanas y pobres, estimulando así la generosidad de los devotos guadalupanos. Así quedo dispuesto en sus Constituciones de Tepozotlán del 10 de septiembre de 1576. 
Más tarde, Moya de Contreras solicita al papa Gregorio XIII, indulgencias particulares para el Santuario de Guadalupe.
Ya en 1573, el Papa había concedido a los fieles que visitasen la Iglesia de Santa María de Guadalupe según las modalidades acostumbradas, indulgencia plenaria y otras indulgencias. Esto se concedía durante diez años. Pero tras la petición de Moya de Contreras, Gregorio XIII, mediante Breve de fecha 28 de marzo de 1576, confirma las indulgencias para otros 10 años más, y las extiende también a la Catedral de México, para evitar que los fieles dejasen de visitar ésta por acudir al Santuario de Guadalupe. Esto viene a confirmar, contra quienes sostienen lo contrario, que ya en esta época los fieles, lo mismo indios que criollos y españoles, acudían más al Santuario de Guadalupe que a la propia Catedral.
El 24 de abril de 1579 escribe, de nuevo, a Felipe II, para darle cuenta de los viajes que hizo a Huasteca (o Guasteca) y provincia de Panuco. Le informa al rey de las dificultades y peligros que existen en dicha zona para erigir un obispado, ya que hay poca gente para ello y muy diseminada. Siendo prioritaria la pacificación de la zona, dada la cantidad de españoles que ya iban muertos en las villas de Tampico y Panuco, pide al monarca que ordene remediar la situación y trate de proteger a los españoles que sobreviven, sugiriendo, al mismo tiempo, llevar a efecto la congregación de los indios en núcleos de mayor población. A pesar de todos los inconvenientes, Moya logró bautizar y confirmar a muchos indios adultos y viejos.
1583: Visitador General del Virreinato En la primavera de 1583, Felipe II le nombra Visitador de Nueva España.
Moya Contreras y la Compañía de Jesús
La llegada de la Compañía de Jesús, su acción misional y docente, movió a Moya de Contreras a profesarle gran simpatía y ayuda.  Escribía al monarca el arzobispo mejicano Moya de Contreras, 28 de marzo de 1576: 
La Compañía de Jesús hace en estas partes notable fruto en servicio de Dios y de vuestra majestad, especialmente en tres colegios que tienen en esta ciudad, donde están recogidos grande cantidad de hijos de vecinos, así de Méjico como de fuera de ella, de todos estados, enseñándoles virtud, doctrina y latinidad, y ocupándolos en ejercicios santos y honestos, harto ajenos de la libertad y ociosidad con que solían criarse, de que por la mayor parte estaban informados, con sólo el nombre de hijos de la tierra, el cual se va trocando, de manera que espero en Dios han de salir de aquí sujetos que dignamente ocupen los lugares que otros tuvieran, careciendo de sus buenas partes”.
Admiró la obra educativa de los jesuitas. Conocedor de la alta calidad intelectual de la Compañía, se apoyó en ella y él mismo escogio como maestro para adelantar en el estudio de las artes y la teología al padre Pedro de Ortigosa. Este afán por el estudio parece ser que le llevó a permanecer algún tiempo recluido en el pueblo de Cuernavaca, conocido antiguamente por lo indios como Quauhnahuac, dedicado exclusivamente a aprender la lengua nativa mejicana, llegando a dominarla de tal manera que predicó y confesó a los indios sin necesidad de intérpretes.
Se entiende, pues, que bajo su dirección se editara un catecismo bilingüe, en mejicano y en castellano que, además, se hizo con grabados de lujo.
Se preocupó también porque su clero prosiguiese estudios dentro de la Universidad y, para asegurar la formación de los sacerdotes dentro de su casa, creó lo que sería un seminario. Congregó a los pajes hijos de ciudadanos nobles, les puso maestros que les leyesen gramática y clérigos viejos, para que los enseñasen y les dieran buen ejemplo.
A los jóvenes “dábales dos veces de vestir cada año, trayendo los pajes decentemente aderezados y bien tratados, y éstos eran de los mancebos que se conocía de ellos ser virtuosos y recogidos, mandaba se les diese bien de comer, con mucho aseo y limpieza, y medianamente de regalo aunque abundantemente el ordinario. Asimismo tenía asalariados médicos y boticas para curarlos. Solíalos juntar de noche a campana tañida en el oratorio a tener oración, la cual acababa se entretenía con ellos en un rato de conversación devota y dándoles muchos documentos y ejemplos de santos, y esto era por ver con este método disimulado los que faltaban y estaban fuera de casa, la cual hacía visitar todas las noches por el mayordomo con hachas encendidas, porque no se hallase en ella con que Dios N. S. fuese ofendido, y así le pagó esto Dios en esta vida a este buen prelado este cuidado, proveyéndolo de criados tales que no se halló en ellos cosa reprensible, y así jamás se toparon en distracciones de noche ni de día, porque todos ellos procuraron vivir ajustados a su voluntad concertadamente”. Esto es lo que escribe en su Vida y heroicas virtudes, su primer biógrafo, Cristóbal Gutiérrez de Luna, en 1619.
Moya Contreras y la Universidad
Nombrado visitador, una de las instituciones de la que se ocupó de preferencia fue la Real y Pontificia Universidad. Una vez visitada, y bien informado de su funcionamiento procedió a pensar en su reorganización, examinando los estatutos que la regían y los cuales requerían cambios sustanciales.
Moya dotó a la institución de un edificio apropiado que se empezó a construir vecino al palacio virreinal.
El 3 de mayo de 1583 una real cédula ordenaba al arzobispo que visitara nuevamente la Universidad para que que pudiera informar sobre el estado de su economía, organización y nivel de los estudios, lo cual efectuó Moya muy puntualmente. Así, el 17 de abril de 1584, con asistencia del arzobispo y del claustro pleno inició su visita. La primera facultad que visitó fue la de Teología. El día 14 visitó la de Leyes, a cargo del doctor Juan de Salcedo. El 15 a la de Artes y posteriormente las de Filosofía, Retórica y Medicina.
En esta labor le ayudó Luis de Villanueva Zapata, hombre preparado y favorecido de Moya. Fue éste a quien se le encomendó que continuase la visita y ajustase los estatutos a las exigencias que el tiempo exigía. Pedro Moya estaba ocupado en la celebración del III Concilio Provincial de México.
Existían posteriormente graves irregularidades ya que regían distintos estatutos: a veces las constituciones salmantinas, otras las del doctor Farfán y otras veces las que por encargo de Pedro Moya hizo Villanueva Zapata. Al gobernar don Juan de Palafox y Mendoza la Nueva España, dispuso nuevos estatutos que comenzaron a regir en 1646.
1584: Virrey de Nueva España
Al partir Enríquez en 1580 al Perú, le sucedió el conde de la Coruña, Lorenzo Suarez de Mendoza, el cual sólo gobernó de 1580 a 1583 y quien siendo de naturaleza débil no pudo contener las irregularidades y desórdenes de la Audiencia, por lo cual pidió un visitador, recayendo el nombramiento de Moya, quien lo ejerció de forma drástica y efectiva.
Un año después presentaba un informe tan completo que fue designado para el alto cargo de Virrey de Nueva España, tomando posesión del mismo el 25 de septiembre de 1584 y ostentándolo hasta el 18 de noviembre de 1585. Fue a raiz de la muerte del virrey Suárez de Mendoza. Durante algo más de un año fue la persona con más poder en el Nuevo Mundo, desempeñando simultáneamente los cargos de arzobispo, virrey interino, capitán general, gobernador, visitador general e inquisidor general.
El biógrafo Stafford Poole escribe: “fue una situación casi sin paralelo en la hisotira de la colonia, y Moya ejerció estos cargos con una combinación de firmeza, discreción, lealtad y talento y no poca malicia.
1583: Pedro Moya describe el Descubrimiento de Nuevo Méjico
El 26 de octubre de 1583 escribió otra carta a Felipe II. En la misma, además de las denuncias de ciertos abusos, menciona, de paso, la poca salud que tiene al final de esos trece años que ya lleva en aquellas tierras, y acompaña una breve relación sobre el descubrimiento de Nuevo Méjico, en la que se narra cómo doce españoles, de ellos tres religiosos, se adentra hacia dicho territorio en junio de 1581. Después de dos meses de largas caminatas descubren un pueblo con cuarenta y cinco casas, donde son informados por los indios, que les habían recibido pacíficamente, de que siguiendo el camino se encontraban numerosos pueblos más. Esto sería conocido por Nuevo Méjico.

Contenido Archivo Titulo Fecha 27-10-1583   -29-1-1583
Testimonios dados por el escribano D. Pedro de Lugo de orden del arzobispo de Méjico, D. Pedro de Moya Contreras, como visitador en nombre del rey, del valor de la plata que se ha labrado en la Casa de la Moneda de los años 1581 a 22 de octubre 1583; de los derechos pertenecientes al tesorero y ensayador por esta plata labrada y de los marcos de plata librados para estas acuñaciones. Incluye: copia del mandamiento del virrey, D. Martín Enríquez, nombrando tesorero de la Casa a Francisco de Quintana Dueñas, fechada en Méjico en 27 de mayo de 1580. 1+2+2 hjs. fol. Archivo Histórico Nacional (DIVERSOS-COLECCIONES,26,N.2) Testimonios sobre el valor de la plata y dchos. del tesorero.
Contenido Archivo Titulo Fecha 1584 Archivo Archivo General de Indias (INDIFERENTE,582,L.1,F.53-53v) Titulo Real Cédula Contenido Real Cédula a Don Pedro Moya de Contreras, arzobispo de México, advirtiéndole que a ninguno de los visitados de aquella audiencia se ha de dar copia de autos, ni nombres de los testigos.  Fecha 19-02-1584  Archivo Archivo General de Indias (INDIFERENTE,582,L.1,F.53v) Titulo Real Cédula Contenido Real Cédula a Don Pedro Moya de Contreras, arzobispo de México, para que los casos criminales que se ofrecieren en la visita que está tomando en la Audiencia los cometa a la persona que le pareciere.  Fecha 19-02-1584 
1584 Visita de la Audiencia de México y demás tribunales por Pedro de Moya y Contreras, arzobispo de México: -Averiguaciones contra Pedro Farfán, oidor de la Audiencia de México. 2 piezas. -Instancia seguida ante el Consejo por Diego García de Palacios, oidor de la Audiencia de México, sobre las condenaciones. 1 pieza. -Diligencias para recaudar los bienes de Francisco de Sande. 1 pieza. -Causa contra Diego López Montalbán y Francisco Palau sobre fraudes de quintos. -Instancia seguida ante el Consejo por Juan de Aguirre sobre el desembargo de un juro. 1 pieza.  Archivo General de Indias (ESCRIBANIA,271A) Visitas Audiencia de México
Archivo Archivo General de Indias (FILIPINAS,29,N.45) Titulo Carta de oficiales de Acapulco sobre naos de Filipinas  Contenido Copia de carta de Juan de Guzmán y Hernando Dávalos y Ayala alcalde mayor y proveedor del puerto de Acapulco a Pedro Moya de Contreras, arzobispo de México y visitador general de Nueva España, sobre el despacho de las naos Santa Ana y San Martín y la fragata Santiago, que salieron de ese puerto el 9 de este mes muy bien pertrechadas.  (Cat.3065) Acompaña: - Lista de la gente que va en la nao Santa Ana, que va a Filipinas por capitana, en la almiranta San Martín y en la fragata Santiago.  Fecha 10-03-1584  Archivo Archivo General de Indias (FILIPINAS,339,L.1,F.305v-306r) Titulo Construcción de navíos en Filipinas  Contenido Real Cédula al virrey de Nueva España [Pedro Moya de Contreras, arzobispo de México, interino], sobre que el anterior virrey, conde de Coruña, había informado de que en Nueva España era costoso construir barcos para Filipinas, y que era mejor hacerlos en Manila, por lo que se le encarga que provea en esto lo más conveniente.  (Cat.3103) Nota: Corresponde a imagen nº 638-639  Fecha 09-06-1584  Archivo Archivo General de Indias (INDIFERENTE,582,L.1,F.59-60) Titulo Real Cédula Contenido Real Cédula a D. Pedro Moya de Contreras, arzobispo de México, nombrándole gobernador, capitán general y presidente de la audiencia de Nueva España, hasta tanto se nombra la persona que ha de ocupar el cargo de virrey.  Fecha 12-06-1584  Archivo Archivo General de Indias (MEXICO,20,N.116) Titulo CARTAS DEL VIRREY PEDRO MOYA DE CONTRERAS (1583-1585) Contenido Autor incierto a S.M., estado de la flota que está para partir.  2 fs. Fecha 24-10-1584 

1585: III Concilio de México
El arzobispo que se movía en torno del espíritu contrarreformista y regalista, personificado en el concilio tridentino y en Felipe II, trató de ajustar a la Iglesia confiada a su cuidado a los principios que de aquellas corrientes derivaron. La aplicación de las normas adoptadas en Trento cuadraban a la perfección con su espíritu y, como pastor cumplidor de su misión, decidió que se aplicaran rigurosamente. Para ello, aunque estaba agobiado por el trabajo de arzobispo y de visitador, de inquisidor y más tarde de virrey, el 1º de febrero de 1584 convocó el III Concilio Provincial Mexicano, el cual debería reunirse el 6 de enero de 1585.
A petición del obispo de Guatemala se aplazó su inicio para el 20 del mismo mes, día en el cual, presidido por el arzobispo virrey, dio comienzo a sus trabajos.
Asistieron a él:
-Diego Romano, obispo de Tlaxcala – Puebla, 
-Fernando Gómez de Córdoba, obispo de Guatemala,
-Juan Medina Rincón, obispo de Valladolid,
-Gregorio de Montalvo, obispo de Yucatán y
-Bartolomé de Ledesma, obispo de Oaxaca.
Excusandose, enviaron representantes:
  1. -Fray Pedro de Feria, obispo de Chiapas y
  2. -Fray Domingo Salazar, obispo de Filipinas.
También estuvieron representados los cabildos eclesiásticos de México, Guatemala, Puebla, Guadalajara y Oaxaca.
Asistieron también:
  1. -Fray Alonso Ponce,
  2. -Fray Domingo de Aguinaga, provincial de los dominicos y
    1. -Fray Juan Adriano, vicario de San Agustín.
    2. Como consultores teólogos figuraron:
  3. -Fray Pedro de Pravia,
  4. -Fray Melchor de los Reyes,
  1. -El padre Juan de la Plaza y
    1. -El doctor Fernando Ortiz de Hinojosa.
    2. También participaron activamente:
  2. -El doctor Juan Zurnero, arcediano de México,
  3. -El doctor Fulgencio Vique, provisor del arzobispado,
  4. -El padre Pedro Morales, teólogo moralista y
  5. -El doctor Juan Salcedo, quien fungió como secretario del Concilio.

El arzobispado designó al padre Pedro de Ortigosa, su profesor de teología, como teólogo consultor. A este jesuita le correspondió hacer la versión latina de los decretos. Como promotor fiscal actuó el doctor Dionisio Rivera Flores, canónigo de la catedral. Fueron las columnas base del concilio el doctor Juan Salcedo y el padre Juan de la Plaza.
Si bien el concilio se destinaba a estudiar la aplicación de los decretos tridentinos que tocaban la reforma, ordenación y organización de la iglesia, fue la angustiosa realidad en que vivían los indios la que se impuso como tema principal y la que ocupó la atención de los padres conciliares a tal grado que llegaron a presionar a la autoridad para que publicase los decretos que habían aprobado, aún cuando no contasen con la aprobación real.
El Concilio fue satisfactorio y sus decisiones fueron aprobadas tanto por la Santa Sede como por el monarca. Publicándose el conjunto de decretos confirmados por el papa Sixto V a instancias del arzobispo Juan Pérez de la Serna el año de 1622. Así, se recogieron todas esas disposiciones contenidas en cinco libros divididos en numerosos títulos y artículos.
Para la celebración del concilio, Pedro Moya de Contreras ordenó la restauración de la Catedral vieja de México. Tal medida se ve explicada en la carta que el prelado escribió al rey, cuya parte relativa dice así: 

Moya de Contreras se ocupo intensamente de los templos, prueba de ello, ésta reedificación de la catedral, que se encontraba en pésimo estado. Ordenó la construcción de su retablo principal, coronado con la imagen de San Miguel, de la que era muy devoto. La dotó de joyas y relicarios, muchos de los cuales le pertenecían, todo de gran valor y primor.
Con su protección se erigió el Colegio de Santa María y Todos los Santos, que contribuyó a la formación cultural de Méjico. Fundó el convento de Jesús María y la Congregación de Venerables Sacerdotes.
El auxilio que prestó a hospitales, parroquias y monasterios de la ciudad fue tan grande como su interés en que las parroquias fuesen regentadas por personas de saber y virtud.
la memoria que se le envía sobre los fraudes habidos y mala administración de Veracruz y averigüe lo que sobre esto hay para su remedio y castigo.
1589: Presidente del Consejo de Indias
En junio de 1586 el Pedro Moya se dispuso para regresar a España. Se trasladó a la villa de Guadalupe, donde estuvo orando en su ermita durante tres días, y desde ésta a Veracruz, donde embarcó rumbo a la península.
Cuando llegó a Sevilla comunicó al rey su estancia en dicha ciudad y que allí esperaría sus órdenes. Rápidamente el monarca le hace trasladarse a Madrid, mandando sea recibido con pompa. Felipe II quedó satisfecho de su visita, no dando crédito a los informes que en su contra había recibido. 
Para seguir demostrándole la alta estima que le tenía, le encarga la visita del real consejo de Indias, nombrándole juez de sus jueces, o sea, elevándolo a Presidente del Consejo de Indias, cargo que no pudo ejercer por su pronto fallecimiento.
Para este nombramiento se requería la separación del arzobispado de Méjico, por lo que se solicitó al Papa que le fuera concedida otra dignidad eclesiástica. Por esto, le recayó el título de Patriarca de las Indias.
Ni cuando estaba ya en España se olvidó de los mejicanos, a los que no diferenciaba. Para él no existía la distinción de peninsulares y mejicanos. A él se debe que los criollos pudieran ser proveídos obispos, arzobispos, oidores, inquisidores, alcaldes de corte y dignidades.
1592: Su fallecimiento
Ya enfermo hacía meses, el 14 de enero de 1592, fallecía en Madrid. 
Fue enterrado en la parroquia de Santiago de Madrid, asistiendo toda la corte en complacencia con los deseos del soberano.
Consta que cuando Felipe II recibió la noticia apesadumbrado, pronunció diversas frases notables, tal como ésta: 
Hoy ha muerto, la verdad, en mi reino uno de los mejores vasallos de mi servicio, y que más bien hizo en él”.
Esto, por sí sólo, encierra la alta consideración que el monarca tenía de este ilustre hombre.
Murió tan pobre que Felipe II tuvo que mandar pagar sus funerales y sus deudas.
La leyenda de Felipe II y Pedro Moya Contreras
Uno de los más afamados conventos de la Ciudad de México, el de Jesús y María, disfrutó de muchos privilegios debido a que, según cuenta la leyenda, en él estaba recluída una niña, Micaela de los Ángeles. Era hija del rey de España, Felipe II, y de una hermana de Pedro Moya de Contreras. 
Fue confiada a Pedro Moya para que la llevara a Nueva España y la ingresara en el convento. Tenía entonces la niña tan sólo dos años. El soberano español estuvo siempre atento para que nada faltara a su hija, quien permaneció en la orden hasta el fin de sus días. Murió con tan solo 13 años por demencia.
Historia no creida por historiadores y biógrafos, como Stafford Poole. Es uno de los biógrafos de Moya Contreras, que mejor lo ha estudiado hasta el punto de hacer su tesis doctoral sobre él, menciona el hecho en la página 57, recogido de Sigüenza y Góngora, añadiendo a continuación que “esta historia no puede ser comprobada”. Otros biógrafos como Cristóbal Gutiérrez de Luna, Francisco Sosa y Juan Jiménez Rueda ni siquiera mencionan el hecho en cuestión.

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